江西省農(nóng)業(yè)科學(xué)院園藝研究所湯雨晴獲國家專利權(quán)
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龍圖騰網(wǎng)獲悉江西省農(nóng)業(yè)科學(xué)院園藝研究所申請的專利一種基于二代短讀長序列的單倍型距離評估方法及裝置獲國家發(fā)明授權(quán)專利權(quán),本發(fā)明授權(quán)專利權(quán)由國家知識產(chǎn)權(quán)局授予,授權(quán)公告號為:CN117174178B 。
龍圖騰網(wǎng)通過國家知識產(chǎn)權(quán)局官網(wǎng)在2025-08-15發(fā)布的發(fā)明授權(quán)授權(quán)公告中獲悉:該發(fā)明授權(quán)的專利申請?zhí)?專利號為:202310955789.5,技術(shù)領(lǐng)域涉及:G16B40/00;該發(fā)明授權(quán)一種基于二代短讀長序列的單倍型距離評估方法及裝置是由湯雨晴;鄔慶江;王雨亭;胡鐘東設(shè)計研發(fā)完成,并于2023-08-01向國家知識產(chǎn)權(quán)局提交的專利申請。
本一種基于二代短讀長序列的單倍型距離評估方法及裝置在說明書摘要公布了:本發(fā)明提供一種基于二代短讀長序列的單倍型距離評估方法及裝置,方法主要包括:將全基因組重測序數(shù)據(jù)進行變異位點檢測后轉(zhuǎn)換成全基因組變異圖譜的形式,并進行文件分割得到多個子圖譜文件,統(tǒng)計變異數(shù)量來剔除數(shù)據(jù)偏差較大的子圖譜文件,剩余的子圖譜文件作為較為準確性較高的評估數(shù)據(jù)進行分析,從而得到局部區(qū)間和全基因水平的個體單倍型距離、局部區(qū)間和全基因水平的群體單倍型距離,能夠得到多維度的單倍型距離數(shù)據(jù),準確性高。
本發(fā)明授權(quán)一種基于二代短讀長序列的單倍型距離評估方法及裝置在權(quán)利要求書中公布了:1.一種基于二代短讀長序列的單倍型距離評估方法,其特征在于,包括如下步驟: 導(dǎo)入具有二代短讀長序列特性的全基因組重測序數(shù)據(jù),所述全基因組重測序數(shù)據(jù)為M×N個,其中,M為群體個數(shù),N為每個所述群體的樣本個數(shù); 將M×N個全基因組重測序數(shù)據(jù)進行變異位點的檢測處理,根據(jù)檢測到的M×N個變異位點分別得到對應(yīng)的全基因組變異圖譜; 將M×N個全基因組變異圖譜作為待分割圖譜文件,按照設(shè)定的局部單倍型距離的區(qū)間長度將所述待分割圖譜文件分割為區(qū)間長度相同的多個子圖譜文件; 分別統(tǒng)計每個子圖譜文件中的變異數(shù)量,并將變異數(shù)量小于或等于變異閾值的子圖譜文件剔除,將變異數(shù)量大于所述變異閾值的子圖譜文件作為待處理子圖譜文件; 在局部區(qū)間上,分別對待處理子圖譜文件進行距離標準化處理,得到個體水平基因組局部單倍型距離;在局部區(qū)間上,分別對屬于同一群體的所有待處理子圖譜文件對應(yīng)的個體水平基因組局部單倍型距離進行距離標準化處理,得到群體水平基因組局部單倍型距離; 在全基因水平上,對所有待處理子圖譜文件對應(yīng)的個體水平基因組局部單倍型距離進行平均值計算,得到個體水平單倍型距離;在全基因水平上,對M個群體對應(yīng)的群體水平基因組局部單倍型距離進行平均值計算,得到群體水平單倍型距離。
如需購買、轉(zhuǎn)讓、實施、許可或投資類似專利技術(shù),可聯(lián)系本專利的申請人或?qū)@麢?quán)人江西省農(nóng)業(yè)科學(xué)院園藝研究所,其通訊地址為:330000 江西省南昌市青云譜區(qū)南蓮路602號;或者聯(lián)系龍圖騰網(wǎng)官方客服,聯(lián)系龍圖騰網(wǎng)可撥打電話0551-65771310或微信搜索“龍圖騰網(wǎng)”。
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