全國農業技術推廣服務中心;江蘇省農業科學院金石橋獲國家專利權
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龍圖騰網獲悉全國農業技術推廣服務中心;江蘇省農業科學院申請的專利一種基于等位基因頻率的SNP數據量化編碼方法獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN115223656B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-08-19發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202210874410.3,技術領域涉及:G16B20/20;該發明授權一種基于等位基因頻率的SNP數據量化編碼方法是由金石橋;許乃銀;晉芳;劉豐澤;楊曉妮;任雪貞;孫全設計研發完成,并于2022-07-21向國家知識產權局提交的專利申請。
本一種基于等位基因頻率的SNP數據量化編碼方法在說明書摘要公布了:本發明公開了一種基于等位基因變異頻率的SNP數據量化編碼方法。本發明所提供的SNP數據量化編碼方法,基于SNP位點下各品種或樣本次要變異基因的頻次分別對主要變異基因的純合基因型、次要基因的純合基因型和雜合基因型量化編碼,使編碼后的SNP數據具有明確的統計學和專業意義,與傳統的統計分析方法兼容,更容易進行SNP位點評價與樣本相似性分析。實驗證明,本發明所提供的SNP數據量化編碼方法可實現直觀便捷的樣本間及位點間相似性或相異性比較和分類評價,數據的專業意義更加明確,數據分析方法更加豐富,不受生物技術領域統計軟件的限制,適用于更廣泛的經典統計學方法和軟件,對樣本和位點的評價更加靈活、直觀和全面。
本發明授權一種基于等位基因頻率的SNP數據量化編碼方法在權利要求書中公布了:1.一種基于等位基因頻率的SNP數據量化編碼方法,其特征在于,所述方法包括如下步驟: 1SNP數據量化預編碼:在各SNP位點的次要等位基因未明確的情況下,即假定某SNP位點下任一個等位基因為次要等位基因,則另一等位基因為主要等位基因;將假定次要等位基因的純合基因型編號為2,主要等位基因的純和基因型編號為0,雜合基因型編號為1,缺失值用空白表示,從而將原來的由核苷酸字母組合的屬性數據轉化為由0、1、2數字組成的m×n數據矩陣,m和n分別表示品種或樣本數和SNP位點數,完成SNP數據的預編碼; 2SNP數據量化編碼校正:基于上述m×n數據矩陣計算各SNP位點的假定MAF值,即H_MAF值,以檢驗假定次要等位基因的真實性;如H_MAF值0.50,則接受假定;如H_MAF值≥0.50,則拒絕假定,并且將相應SNP位點所在列的數字0和2互換,使矩陣中所有數字2和0都分別代表次要等位基因和主要等位基因的純合基因型,從而完成SNP數據量化編碼流程; 其中,第j個SNP位點的H_MAF值在MSExcel中的計算公式如下: H_MAFj=SUMSNP1j:SNPmjCOUNTSNP1j:SNPmj*2*100%…………1 其中,H_MAFj表示第j個SNP位點的H_MAF值,m為品種或樣本容量,SNP1j、SNPmj分別表示量化編碼矩陣第1行j列、第m行j列的量化編碼。
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