浙江大學褚琴潔獲國家專利權
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龍圖騰網獲悉浙江大學申請的專利一種植物屬內泛轉錄組的構建方法及其應用獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN120356516B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-08-19發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202510822132.0,技術領域涉及:G16B20/30;該發明授權一種植物屬內泛轉錄組的構建方法及其應用是由褚琴潔;胡煜蓉;陳露設計研發完成,并于2025-06-19向國家知識產權局提交的專利申請。
本一種植物屬內泛轉錄組的構建方法及其應用在說明書摘要公布了:本發明涉及植物屬內泛轉錄組的構建方法及其應用,該方法通過以下步驟實現:獲取屬內不同物種的二三代轉錄組數據并質控,利用HISAT2等軟件比對參考基因組,經StringTie拼接后通過gffcompare篩選有效轉錄本;基于ORF長度(≥100aa為mRNA,10?99aa為小肽轉錄本,<10aa為ncRNA)分類轉錄本及基因;通過編碼基因和非編碼基因分析物種間序列保守性,將基因劃分為核心、可選、特異類型;最終整合構建包含三類轉錄組的屬水平泛轉錄組。本發明首次實現植物屬內跨物種泛轉錄組的系統構建,可解析蛋白質編碼基因、小肽及非編碼RNA的保守性與差異性,為植物功能基因組研究提供新工具。
本發明授權一種植物屬內泛轉錄組的構建方法及其應用在權利要求書中公布了:1.一種植物屬內泛轉錄組的構建方法,其特征在于,包括以下步驟: (1)數據準備與質控:獲取植物屬內不同物種的二代和三代轉錄組測序數據,包括不同組織和發育時期的樣本;使用質量檢測軟件對測序數據進行質控,去除低質量堿基和接頭序列; (2)轉錄本拼接與篩選:將質控后的二三代轉錄組測序數據分別比對到對應物種的參考基因組,使用轉錄本拼接軟件合并二三代拼接結果,保留預設覆蓋度閾值以上的轉錄本;通過與參考基因注釋比對,篩選出有效轉錄本; (3)基于開放閱讀框的轉錄本分類:對各物種有效轉錄本進行開放閱讀框鑒定,根據開放閱讀框長度將轉錄本分為編碼蛋白質的轉錄本、編碼小肽的轉錄本和非編碼RNA;并基于轉錄本分類結果,將基因位點判定為編碼蛋白質的基因、編碼小肽的基因或非編碼基因; (4)物種間基因保守性鑒定:對編碼蛋白質或小肽的基因,基于氨基酸序列同源性分析,鑒定核心基因、可選基因和特異基因;對非編碼基因,基于核苷酸序列同源性分析,鑒定核心非編碼基因、可選非編碼基因和特異非編碼基因; (5)泛轉錄組整合構建:將核心基因、可選基因、特異基因及其對應轉錄本,與核心非編碼基因、可選非編碼基因、特異非編碼基因及其對應轉錄本合并,構建屬水平的泛轉錄組。
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